Les réseaux thématiques de recherche (RTR), animés par des comités de réseau, favorisent les échanges autour de thèmes de recherche (actions de recherche partagée) définis lors des réunions constitutives ; ils organisent périodiquement des journées scientifiques sur les sujets retenus par le réseau et participent à la politique éditoriale de l'AUPELF· UREF.

Les actions de recherche concertées (ARC) permettent aux meilleurs laboratoires du Nord et du Sud de développer en concertation des programmes de recherche de qualité sur des thèmes scientifiques précis et favorisent la publication en français des résultats de recherche obtenus dans des revues scientifiques reconnues au niveau international..

Les laboratoires associés francophones (LAF) permettent aux meilleurs laboratoires et centres des pays du Sud de renforcer leur potentiel, d'améliorer leurs conditions de travail et de mieux valoriser les résultats de leur recherche.

Les jeunes équipes de recherche (JER) encouragent de nouvelles dynamiques de recherche collective en permettant à de jeunes chercheurs de créer une nouvelle équipe ou en confortant une équipe existante.

Les allocations de recherche permettent à de jeunes chercheurs de préparer leur thèse dans les meilleures conditions et d'exercer leur travail de chercheurs à temps plein.

Les primes de recherche visent à mobiliser à temps plein dans leur pays des chercheurs du Sud dans des structures scientifiques régionales.

Les écoles doctorales régionales (EDR) organisent dans un cadre régional la formation à et par la recherche. Elles s'appuient sur l'expertise des établissements d'enseignement supérieur et de recherche du Nord, délivrent des diplômes d'études et de recherches approfondies qui donnent accès pour les meilleurs à un doctorat et par co-diplomation à un diplôme équivalent d’une des universitaires partenaires.

L'aide à la structuration scientifique vise à inciter les universités des pays du Sud à se doter d'un Conseil scientifique ou à restructurer celui-ci.

Les bourses d’excellence permettent à des chercheurs en priorité du Sud de mener leur projet de recherche à leur terme par la réalisation de stages post-doctoraux dans un autre pays francophone.

Les bourses doctorantes visent à décloisonner les jeunes chercheurs du Sud par la réalisation d’un stage de mobilité dans le cadre de la préparation de leur thèse.